水处理应尽可能防止微生物生长，防止管道材料腐蚀和预防形成沉积物。
保持配水系统中良好的水质，要依靠该系统的设计和操作，也要依靠维护和检查，以防止污染并去除内部沉积物的积累。
保护输配水系统对提供安全饮用水十分重要。输配水系统可能包括很多千米长的管道、储水罐与工业用户的交叉口，输配水系统还有被损毁和破坏的可能性，还存在微生物和化学物质污染的机会。
当输配水系统内发生肠道病原体或者有害化学物质污染时，消费者便很可能暴露于这些危害中。比如病原体的侵入，即使尚有残留的消毒剂能限制微生物生长，但可能不足以克服污染，或对进入的部分或全部类型的病原体无效。最终存留的病原体可能引发感染并致病。
在间歇性供水地方，低水压会使污染水通过管道破损、裂缝、连接处和微孔进入系统中。我们不希望采用间歇供水，但这在许多国家却很普遍，而且经常导致污染事故。在间歇供水过程中控制水质问题是一大难题，因为渗透和回流的危险性显著增加。这种危险性可能因季节变化而增高，土壤湿度可能增加土壤和管道之间的压力梯度。在间歇性供水中若污染物进入管道，当恢复供水时，给系统补充的水会增加消费者的危险性。可以预料，被污染的水会给该供水系统一次集中的冲击。当使用家庭储水来克服间歇供水的问题时，局部加消毒剂以减少微生物增殖的做法可能对安全是有保证的。
进入输配水系统的饮用水可能含有非寄生的阿米巴原虫和各种异养细菌的环境品系以及真菌。在适宜的条件下，阿米巴和异养菌，包括柠檬酸杆菌、肠杆菌和克雷伯杆菌，可能在输配水系统中生长并形成生物膜。现在还不能证明在生物膜上的大多数微生物(军团菌例外，能在建筑给水系统中繁殖)会通过饮用水对一般人群的健康产生不良作用，但也可能对严重免疫受损的人来说是例外(见支持性文件《异养菌平皿计数 (HPCs)和饮水安全》。
输配水系统中的温度和营养物浓度一般不会达到能支持生物膜上大肠埃希氏菌(或肠道病原菌)的生长。因此，大肠埃希氏菌的存在是新近受到粪便污染的证明。
自然灾害，包括洪水，干旱和地震会严重影口向管网输配水系统。
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