从流行病学和QMRA两方面均可得到有关健康风险的信息，而这两方面的信息通常是作为主要信息资源的一种补充。对很多病原体来说，制定基于健康的目标可能受到数据有限的制约，而一些来自流行病学和QMRA的数据正越来越多地被人们获得和利用。从局部地区所得到的资料对制定国家目标也是非常有价值的。
直接用健康结果方法一也可制订健康目标，条件是认为水源性疾病负担相当严重，干预措施的效果可以监测得到，即通过流行病学调查，可以见到通过饮用水水质改善可以使发病率下降。
为了制订国家或地区的健康目标，在解释和应用通过流行病学分析研究获到的信息时，需要考虑到一系列因素，包括以下问题:
.是否提供疾病减少的具体评估或疾病预期下降的指示范围?
.为保证所得结果用于更大人群时也是可靠的，目标人群作为研究样本的代表性如何?
.人口统计或社会经济状况方面的一些微小差别会对预期结果产生何种程度的影响?
当前，QMRA己被广泛作为制定微生物基于健康目标的基础，尤其是当水源性疾病比例很低或很难直接通过公众卫生监督和流行病学研究分析测试时。
控制微生物危害最常用的健康目标形式是绩效目标，该目标着眼于可接受的疾病负担并通过应用涉及原水水质的QMRA建立。水质目标并不是专为病原体制定的，检测处理后水中病原体是不可行的或不划算的，因为病原体的容许风险性浓度通常是每104- 10５L少于一个生物体。
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