建立所有潜在水传播病原体，包括细菌、毒、原虫、蠕虫等的运行目标是不切实际的，而且也没有充足的数据。一个更实际的方法是寻找可代表不同病原体类别的参考病原体，并考虑到每个类别病原体对不同处理过程在特征、习性及敏感性上的变化。通常，要明确可代表细菌、病毒、原虫、蠕虫的不同参考病原体。参考病原体的选择标准包括下列所有元素:
.进行感染的介水传播途径;
.有足够的数据来保证QMRA的进行，包括人和疾病发生的剂量响应关系数据;
.能在源水中出现;
.能够在环境中存活;
.通过处理过程移除或失活的敏感性;
.疾病的传染性、发生率及严重程度。
有些标准，例如环境中的存活能力以及对处理过程敏感性涉及参考病原体的具体特性。其他标准受当地环境和条件制约，包括介水传播疾病的发病率，可能受到其他来源生物体发病率的影响，它们具有不同的免疫力和营养水平(例如轮状病毒感染在高收入和低收入区域有不同的结果);以及原水中生物体所影响(如产毒素的霍乱弧菌和痢疾阿米巴在一定的地理区域很常见，而福氏耐格里阿米巴原虫在温水中较常见)。
1)参考病原体的选择
参考病原体的选择在不同国家和地区会有不同，要考虑到当地条件，包括水传播疾病的发生率和严重程度以及原水特性。疾病流行的证据和重要性也应用于选择参考病原体。然而，潜在参考病原体的选择范围受到所能获得的数据的限制，特别是用于QMRA的人类剂量一响应关系模型。
对参考病原体选择的决策应该对所有可利用的数据知情，包括传染疾病检测和目标研究、突发疫情调查以及己登记的经实验室确认的临床病例。这些数据可以帮助识别对于水传播疾病负担可能贡献最大的病原体。这样的病原体才可能是参考病原体的合适选择，并应在建立基于健康的目标时予以考虑。
2)病毒
病毒是最小的病原体，因此采用物理方法如过滤的方法很难将其去除。一些特定的病毒相对于细菌和寄生虫来说对消毒的敏感性要差(例如腺病毒对紫外灯就不是很敏感)。病毒能长时间在水中存活。感染剂量通常较低。病毒的宿主范围通常有限，许多种类都是特定的。大多数的肠道病毒不能被动物携带，但一也有一些特例，包括戊型肝炎E病毒这些特殊种类。
轮状病毒、肠道病毒、诺如病毒己经被确认作为潜在的参考病原体。轮状病毒是引起儿童胃肠感染的最重要原因，可导致严重后果、包括住院治疗甚至死亡，尤其是在低收入地区死亡情况更多见。对轮状病毒有一个剂量一响应模型，但并没有一个常规的基于培养的方法用于量化感染数量。通常，轮状病毒感染患者排泄物中含有大量轮状病毒，而被人类排泄物污染的水中可能含有高浓度的轮状病毒。目前己有一些偶发介水传播疾病的记载。在低收入国家，可能主要发生在水源。
肠道病毒，包括脊髓灰质炎病毒和最近刚被识别的富埃可病毒，能够引起轻度发热疾病，但也是一些引起儿童中严重疾病的重要致病因子，如麻痹、脑膜炎、脑炎。有一个对于肠道病毒的剂量一反应模型，而且有一个常规的基于细菌培养分析技术用来检测感染性颗粒。肠道病毒被感染病人大量排出体外，而被人类排泄物污染的水中可能含有高浓度的肠道病毒。
诺如病毒可引起各年龄段人群中急性胃肠疾病。疾病症状通常轻微且很少有持续3天以上;不过感染并不产生持续性保护抗体。所以，每个案例的疾病负担要低于轮状病毒。有很多暴发疾病都归因于饮用水。己经建立一个剂量一反应模型用于评估几株诺如病毒的感染性，但是目前还没有基于细菌培养技术的检测方法。
3)细菌
细菌是通过消毒灭活方式最敏感的一组病原体。一些自由生存的病原体，例如军团属和非结核型分枝杆菌，能够在水环境中生长，但是肠道细菌通常不能在水中生长，而且比病毒和原虫存活的时间更短。许多可以感染人类的细菌种属是由动物携带的。
许多潜在的介水传播细菌病原体有己知的剂量一反应模型，包括弧菌、弯曲杆菌、大肠杆菌0157、沙门氏菌和志贺氏菌。
产毒霍乱弧菌可导致水样腹泻。如果不被及时处理，比如当人们因冲突或自然灾害而流离失所时，病死率会很高。感染剂量相对较高。大规模水源性疾病疫情曾经且一直有发生。
弯曲杆菌是在全世界范围内引起腹泻的重要原因。疾病导致各种不同的症状，但是死亡率低。和其他细菌性病原体相比，感染剂量相对较低，在1000个生物体以下。在环境中较普遍，存在水源性疾病疫情暴发记录。
由大肠杆菌0157和其他肠出血性大肠杆菌菌株引起的水源性感染疾病远不及弯曲杆菌普遍，但是其感染症状更严重，包括溶血性尿毒症甚至死亡。感染剂量可以非常低(少于100个生物体)。
志贺氏菌每年可引起超过200万次疾病感染，包括约60000例死亡，主要是在发展中国家。感染
剂量低，可以低至10-100个生物体，存在水源性疾病疫情暴发记录。
尽管非伤寒型沙门氏菌很少引起水源性疾病暴发，但是伤寒沙门氏菌属可引起大规模灾难性的介水传播伤寒暴发。
4)原虫
原虫是对化学灭菌最不敏感的一类病原体。
紫外照射有效对抗隐抱子虫，但是对氧化型消毒剂、如氯，有较高的耐受性。中等大小(>2 um)的原虫可通过物理过程去除。他们能够在水中长时间存活，具有中等的种属特异性。牲畜和人是原虫如隐抱子虫和肠袋虫的来源，然而人类是病原性环抱子虫和内变形虫的唯一储藏所。感染剂量通常较低。
己经建立贾第虫和隐抱子虫的剂量一反应模型。贾第虫感染比隐抱子虫感染更为常见，症状持续时间也更长。然而，隐抱子虫比贾第虫小，因此更难用物理方法去除;对氧化消毒剂一也更有耐性，一些证据表明他们在水环境的存活时间更长。
.进行感染的介水传播途径;
.有足够的数据来保证QMRA的进行，包括人和疾病发生的剂量响应关系数据;
.能在源水中出现;
.能够在环境中存活;
.通过处理过程移除或失活的敏感性;
.疾病的传染性、发生率及严重程度。
有些标准，例如环境中的存活能力以及对处理过程敏感性涉及参考病原体的具体特性。其他标准受当地环境和条件制约，包括介水传播疾病的发病率，可能受到其他来源生物体发病率的影响，它们具有不同的免疫力和营养水平(例如轮状病毒感染在高收入和低收入区域有不同的结果);以及原水中生物体所影响(如产毒素的霍乱弧菌和痢疾阿米巴在一定的地理区域很常见，而福氏耐格里阿米巴原虫在温水中较常见)。
1)参考病原体的选择
参考病原体的选择在不同国家和地区会有不同，要考虑到当地条件，包括水传播疾病的发生率和严重程度以及原水特性。疾病流行的证据和重要性也应用于选择参考病原体。然而，潜在参考病原体的选择范围受到所能获得的数据的限制，特别是用于QMRA的人类剂量一响应关系模型。
对参考病原体选择的决策应该对所有可利用的数据知情，包括传染疾病检测和目标研究、突发疫情调查以及己登记的经实验室确认的临床病例。这些数据可以帮助识别对于水传播疾病负担可能贡献最大的病原体。这样的病原体才可能是参考病原体的合适选择，并应在建立基于健康的目标时予以考虑。
2)病毒
病毒是最小的病原体，因此采用物理方法如过滤的方法很难将其去除。一些特定的病毒相对于细菌和寄生虫来说对消毒的敏感性要差(例如腺病毒对紫外灯就不是很敏感)。病毒能长时间在水中存活。感染剂量通常较低。病毒的宿主范围通常有限，许多种类都是特定的。大多数的肠道病毒不能被动物携带，但一也有一些特例，包括戊型肝炎E病毒这些特殊种类。
轮状病毒、肠道病毒、诺如病毒己经被确认作为潜在的参考病原体。轮状病毒是引起儿童胃肠感染的最重要原因，可导致严重后果、包括住院治疗甚至死亡，尤其是在低收入地区死亡情况更多见。对轮状病毒有一个剂量一响应模型，但并没有一个常规的基于培养的方法用于量化感染数量。通常，轮状病毒感染患者排泄物中含有大量轮状病毒，而被人类排泄物污染的水中可能含有高浓度的轮状病毒。目前己有一些偶发介水传播疾病的记载。在低收入国家，可能主要发生在水源。
肠道病毒，包括脊髓灰质炎病毒和最近刚被识别的富埃可病毒，能够引起轻度发热疾病，但也是一些引起儿童中严重疾病的重要致病因子，如麻痹、脑膜炎、脑炎。有一个对于肠道病毒的剂量一反应模型，而且有一个常规的基于细菌培养分析技术用来检测感染性颗粒。肠道病毒被感染病人大量排出体外，而被人类排泄物污染的水中可能含有高浓度的肠道病毒。
诺如病毒可引起各年龄段人群中急性胃肠疾病。疾病症状通常轻微且很少有持续3天以上;不过感染并不产生持续性保护抗体。所以，每个案例的疾病负担要低于轮状病毒。有很多暴发疾病都归因于饮用水。己经建立一个剂量一反应模型用于评估几株诺如病毒的感染性，但是目前还没有基于细菌培养技术的检测方法。
3)细菌
细菌是通过消毒灭活方式最敏感的一组病原体。一些自由生存的病原体，例如军团属和非结核型分枝杆菌，能够在水环境中生长，但是肠道细菌通常不能在水中生长，而且比病毒和原虫存活的时间更短。许多可以感染人类的细菌种属是由动物携带的。
许多潜在的介水传播细菌病原体有己知的剂量一反应模型，包括弧菌、弯曲杆菌、大肠杆菌0157、沙门氏菌和志贺氏菌。
产毒霍乱弧菌可导致水样腹泻。如果不被及时处理，比如当人们因冲突或自然灾害而流离失所时，病死率会很高。感染剂量相对较高。大规模水源性疾病疫情曾经且一直有发生。
弯曲杆菌是在全世界范围内引起腹泻的重要原因。疾病导致各种不同的症状，但是死亡率低。和其他细菌性病原体相比，感染剂量相对较低，在1000个生物体以下。在环境中较普遍，存在水源性疾病疫情暴发记录。
由大肠杆菌0157和其他肠出血性大肠杆菌菌株引起的水源性感染疾病远不及弯曲杆菌普遍，但是其感染症状更严重，包括溶血性尿毒症甚至死亡。感染剂量可以非常低(少于100个生物体)。
志贺氏菌每年可引起超过200万次疾病感染，包括约60000例死亡，主要是在发展中国家。感染
剂量低，可以低至10-100个生物体，存在水源性疾病疫情暴发记录。
尽管非伤寒型沙门氏菌很少引起水源性疾病暴发，但是伤寒沙门氏菌属可引起大规模灾难性的介水传播伤寒暴发。
4)原虫
原虫是对化学灭菌最不敏感的一类病原体。
紫外照射有效对抗隐抱子虫，但是对氧化型消毒剂、如氯，有较高的耐受性。中等大小(>2 um)的原虫可通过物理过程去除。他们能够在水中长时间存活，具有中等的种属特异性。牲畜和人是原虫如隐抱子虫和肠袋虫的来源，然而人类是病原性环抱子虫和内变形虫的唯一储藏所。感染剂量通常较低。
己经建立贾第虫和隐抱子虫的剂量一反应模型。贾第虫感染比隐抱子虫感染更为常见，症状持续时间也更长。然而，隐抱子虫比贾第虫小，因此更难用物理方法去除;对氧化消毒剂一也更有耐性，一些证据表明他们在水环境的存活时间更长。