了解水源中病原体的污染状况非常重要，这有助于为供水系统选择水质最好的水源，同时确定水源中病原体浓度，为水安全计划中建立符合健康目标的水处理要求提供依据。
目前确定某一特定集水区和其他水源中病原体浓度最精确的方法是在一段时间内连续对水质进行监测，同时考虑季节变化和诸如暴风雨等突发事件的影响。建议在有条件的地区，尽可能结合正在制定的水安全计划及目标病原体，直接检测特定水源中的病原体和指示性微生物，因为这样的检测结果可以反映微生物污染水平的最佳估计值。然而，在很多情况下常常由于条件限制而无法实现。当缺乏病原体的检测浓度时，一个可采用的替代办法是根据现有数据进行估计，如利用卫生调查结果同时结合指示生物检测。
在社区或实施地区，当缺少水源病原体发生和分布的数据时，原水中的浓度可以从一些观察数据，如每克代表直接受粪便污染的粪便中或每升未处理的废水中的病原体数量推断出来。卫生调查数据可用于评估未经处理或处理过的废水排入原水产生的影响。在处理过的废水中，病原体的浓度可能减少10~100倍或者更多，取决于处理工艺效率。原水中的病原体浓度可以通过废水中的病原体浓度及废水在原水中的比例估计。此外，还可以考虑在一些特定位置的原水中测定的指示性病原体的浓度，但这些浓度可能会在不同位置变化很大。
每个人都会散布大肠杆菌，但浓度变化很大。只有被感染的人散布病原体，因此，废水中病原体浓度变化更大。这样的变化取决于扩散模式，也依赖于其他因素，如排放废水的人群规模或被其他废水、如工业废水稀释的规模。传统废水处理在废水被排放到地表水之前，常常降低一到两个数量级的微生物浓度。在其他地方，原水被直接排放，或者通过排水管溢流偶尔排放。排放废水被受纳水体稀释，从而减少了病原体数量，稀释因子是因地而异。病原体失活、死亡或进入到沉积物里也会使病原体减少。这些因子随着表面水体和气候的不同而变化。这种变化说明粪便指示菌和病原体的浓度在地表水体比废水中变化更多。
由于生存能力差别，大肠杆菌与病原体的比值在排放点和其下游是不一样的。将大肠杆菌数据和地表水中病原体浓度进行比较发现地表水病原体和大肠杆菌浓度总体上成正相关，但是在大肠杆菌的任何浓度下，病原体浓度可能从低到高变化很大。甚至没有大肠杆菌并不保证没有病原体或者病原体的浓度低于公共卫生要求。
基于对实际数据的评估为确定在各种受粪便污染影响的水源中的肠道病原体浓度提供了一个有用的参考。然而，这些数据也有很多限制性和不确定性，包括以下几个方面:
.尽管病原体和大肠杆菌的数据来源于世界的不同区域，但是到目前为止大多来自高收入国家。
.还存在对分析方法的灵敏性和稳定性的担忧，尤其是病毒和原虫，在检测这些生物体时，很大程度要通过要处理和浓缩大体积样本加以弥补。
.病原体计数可以使用各种方法，包括使用培养基或细胞的培养方法;基于分子的检测(例如聚合酶链式反应)和显微镜观察，并对这些结果做出谨慎解释。
.由于缺乏病原体对人类的传染性的知识，这样会影响风险评估，应该得到解决。
目前确定某一特定集水区和其他水源中病原体浓度最精确的方法是在一段时间内连续对水质进行监测，同时考虑季节变化和诸如暴风雨等突发事件的影响。建议在有条件的地区，尽可能结合正在制定的水安全计划及目标病原体，直接检测特定水源中的病原体和指示性微生物，因为这样的检测结果可以反映微生物污染水平的最佳估计值。然而，在很多情况下常常由于条件限制而无法实现。当缺乏病原体的检测浓度时，一个可采用的替代办法是根据现有数据进行估计，如利用卫生调查结果同时结合指示生物检测。
在社区或实施地区，当缺少水源病原体发生和分布的数据时，原水中的浓度可以从一些观察数据，如每克代表直接受粪便污染的粪便中或每升未处理的废水中的病原体数量推断出来。卫生调查数据可用于评估未经处理或处理过的废水排入原水产生的影响。在处理过的废水中，病原体的浓度可能减少10~100倍或者更多，取决于处理工艺效率。原水中的病原体浓度可以通过废水中的病原体浓度及废水在原水中的比例估计。此外，还可以考虑在一些特定位置的原水中测定的指示性病原体的浓度，但这些浓度可能会在不同位置变化很大。
每个人都会散布大肠杆菌，但浓度变化很大。只有被感染的人散布病原体，因此，废水中病原体浓度变化更大。这样的变化取决于扩散模式，也依赖于其他因素，如排放废水的人群规模或被其他废水、如工业废水稀释的规模。传统废水处理在废水被排放到地表水之前，常常降低一到两个数量级的微生物浓度。在其他地方，原水被直接排放，或者通过排水管溢流偶尔排放。排放废水被受纳水体稀释，从而减少了病原体数量，稀释因子是因地而异。病原体失活、死亡或进入到沉积物里也会使病原体减少。这些因子随着表面水体和气候的不同而变化。这种变化说明粪便指示菌和病原体的浓度在地表水体比废水中变化更多。
由于生存能力差别，大肠杆菌与病原体的比值在排放点和其下游是不一样的。将大肠杆菌数据和地表水中病原体浓度进行比较发现地表水病原体和大肠杆菌浓度总体上成正相关，但是在大肠杆菌的任何浓度下，病原体浓度可能从低到高变化很大。甚至没有大肠杆菌并不保证没有病原体或者病原体的浓度低于公共卫生要求。
基于对实际数据的评估为确定在各种受粪便污染影响的水源中的肠道病原体浓度提供了一个有用的参考。然而，这些数据也有很多限制性和不确定性，包括以下几个方面:
.尽管病原体和大肠杆菌的数据来源于世界的不同区域，但是到目前为止大多来自高收入国家。
.还存在对分析方法的灵敏性和稳定性的担忧，尤其是病毒和原虫，在检测这些生物体时，很大程度要通过要处理和浓缩大体积样本加以弥补。
.病原体计数可以使用各种方法，包括使用培养基或细胞的培养方法;基于分子的检测(例如聚合酶链式反应)和显微镜观察，并对这些结果做出谨慎解释。
.由于缺乏病原体对人类的传染性的知识，这样会影响风险评估，应该得到解决。