由于涉及复杂性、检测的敏感性、检测成本以及得到结果的及时性，对于特定病原体的检测往往限于对原水的质量评价，并把它作为确定运行目标和验证的基础，而检测手段用于决定是否处理过程或其他工艺对于去除目标生物有效果。只有很少的情况下，才进行病原体检测以确认某种处理或工艺是有效的。不过，在验证、运行检测和监督监测过程中的微生物检测一般只限于对指示生物的检测。
必须认识到，采用不同的病原体检测方法得到的特性是不同的。培养法，如液体培养基或者琼脂细菌培养基和针对病毒和噬菌体的细胞培养基，探测的是基于感染或者生长的活性生物。通过显微镜、核酸表达和扩增(例如PCR)以及免疫方法(例如ELISA)进行病原体探测可以测知病原体及其组成部分的物理存在，而不必确定所检测是否存活或有感染性。与基于培养法的检测相比，其对人类的健康风险可产生更大的不确定性。当使用非培养方法时，它们不测定指示可培养性和感染性的单位数，常常假定由病原体的碎片或检测到的成分代表可感染生物。
在评价饮用水水质时，使用埃希氏大肠杆菌作为粪便污染指示生物在实践中己广泛应用。这些指示生物的标准就是他们自己不能是病原体并且具备以下特征:
.大量并广泛存在与人类和动物的粪便中;
.在自然水体中不会大量增殖;
.在水中与别的粪便病原体有相似的习性;
.比粪便病原体存在的更多;
.对水处理工艺，与粪便病原体有相似的反应方式;
.可以被简单、便宜的培养基方法检测到。
这些标准表明一种设想，同一种生物可以被同时用作粪便污染的指示生物，也可以用作指示处理效率。但是很清楚的是，一种指示生物不能发挥这两种功能，针对不同的目标，应该考虑不同的生物。例如，异养菌可以作为消毒效率和管网系统清洁的运行指示，而产气荚膜梭菌和大肠杆菌噬菌体可以用来验证处理系统的效率。
大肠杆菌己被作为饮用水水质监测的传统指标，在实施认证和监督的监测内容里也是一项重要的指标。在很多情况下，耐热大肠菌可作为大肠杆菌检测的替代指标。用于人类使用的水中不应含有粪便指示生物。在绝大多数情况下，检测大肠杆菌或耐热大肠菌可为饮用水提供较高的安全保障，因为污染水中含有大量这样的指示菌。
不过，现在己有越来越多的人开始关注传统指示生物的不足之处，如将大肠杆菌作为肠道病毒和原虫的指示生物。病毒和原生动物对传统环境条件或处理技术、如过滤和消毒抗性较强，因此在处理后的水中没有大肠杆菌，但可能存在病毒和原生动物。以往关于水源性疾病暴发的研究结果表明，完全依赖于有无大肠杆菌的假设可能不能保障水的安全性。有时，可能还希望存在一些抗性微生物，如噬菌体或细菌抱子，以作为抗性微生物风险的指示生物。是否将它们纳入监测计划、包括实施工艺控制和监督计划中的监测，应根据当地具体情况和相关科学依据进行评价。这些情形可能包括使用受到肠道病毒和寄生原虫污染的原水或那些可能源自人类或禽畜废物污染的地方。
由于不同人群对病原体的易感性不同，由此导致饮用某种特定质量的饮用水后所产生的健康效应在不同的人群中各异。若是制定国家标准，有必要对参考人群进行定义，或在某些情况下注重特别敏感的亚人群。国家或地方政府在制订国家标准时可能愿意考虑所辖居民的具体特性。
必须认识到，采用不同的病原体检测方法得到的特性是不同的。培养法，如液体培养基或者琼脂细菌培养基和针对病毒和噬菌体的细胞培养基，探测的是基于感染或者生长的活性生物。通过显微镜、核酸表达和扩增(例如PCR)以及免疫方法(例如ELISA)进行病原体探测可以测知病原体及其组成部分的物理存在，而不必确定所检测是否存活或有感染性。与基于培养法的检测相比，其对人类的健康风险可产生更大的不确定性。当使用非培养方法时，它们不测定指示可培养性和感染性的单位数，常常假定由病原体的碎片或检测到的成分代表可感染生物。
在评价饮用水水质时，使用埃希氏大肠杆菌作为粪便污染指示生物在实践中己广泛应用。这些指示生物的标准就是他们自己不能是病原体并且具备以下特征:
.大量并广泛存在与人类和动物的粪便中;
.在自然水体中不会大量增殖;
.在水中与别的粪便病原体有相似的习性;
.比粪便病原体存在的更多;
.对水处理工艺，与粪便病原体有相似的反应方式;
.可以被简单、便宜的培养基方法检测到。
这些标准表明一种设想，同一种生物可以被同时用作粪便污染的指示生物，也可以用作指示处理效率。但是很清楚的是，一种指示生物不能发挥这两种功能，针对不同的目标，应该考虑不同的生物。例如，异养菌可以作为消毒效率和管网系统清洁的运行指示，而产气荚膜梭菌和大肠杆菌噬菌体可以用来验证处理系统的效率。
大肠杆菌己被作为饮用水水质监测的传统指标，在实施认证和监督的监测内容里也是一项重要的指标。在很多情况下，耐热大肠菌可作为大肠杆菌检测的替代指标。用于人类使用的水中不应含有粪便指示生物。在绝大多数情况下，检测大肠杆菌或耐热大肠菌可为饮用水提供较高的安全保障，因为污染水中含有大量这样的指示菌。
不过，现在己有越来越多的人开始关注传统指示生物的不足之处，如将大肠杆菌作为肠道病毒和原虫的指示生物。病毒和原生动物对传统环境条件或处理技术、如过滤和消毒抗性较强，因此在处理后的水中没有大肠杆菌，但可能存在病毒和原生动物。以往关于水源性疾病暴发的研究结果表明，完全依赖于有无大肠杆菌的假设可能不能保障水的安全性。有时，可能还希望存在一些抗性微生物，如噬菌体或细菌抱子，以作为抗性微生物风险的指示生物。是否将它们纳入监测计划、包括实施工艺控制和监督计划中的监测，应根据当地具体情况和相关科学依据进行评价。这些情形可能包括使用受到肠道病毒和寄生原虫污染的原水或那些可能源自人类或禽畜废物污染的地方。
由于不同人群对病原体的易感性不同，由此导致饮用某种特定质量的饮用水后所产生的健康效应在不同的人群中各异。若是制定国家标准，有必要对参考人群进行定义，或在某些情况下注重特别敏感的亚人群。国家或地方政府在制订国家标准时可能愿意考虑所辖居民的具体特性。