粪便指示菌分析虽然不是最快的，但却可以为饮用水系统是否受污染提供敏感指示。由于所使用的培养基、培养条件、水样的性质和采样后放置的时间等均可影响被分离微生物的种类和数量，因此微生物分析结果的准确性存在差异。这说明，如果世界各地不同的实验室采用统一的标准对水中微生物质量进行控制，对分析方法和实验室操作过程进行标准化是非常重要的。
国际标准方法在被采纳之前应根据当地的具体情况进行评估。可以使用己建立的标准方法，如国际标准化组织(ISO)的方法或效果及可靠性与其相当的方法均可采用。对于常规检测可采用那些己建立的方法。无论选用何种方法检测埃希氏大肠杆菌或耐热性大肠菌群，都必须考虑因环境或消毒剂受到损伤的微生物菌株的“复苏”或“恢复”问题。
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