水源性病原体及其指示微生物可能导致疾病的水源性微生物包括:
相关资料确认的细菌、病毒、原生动物和寄生虫，但血吸虫没有在内。因为血吸虫病主要是通过洗澡或清洗衣物时接触污染的地表水而传播;
.可能但未确定通过水源传播的潜在的新发病原.包括幽门螺杆菌、冢村菌、贝氏等抱球虫和微抱子虫;
.杆菌，包括尚未证明也可经水源传播的食源性疾病病原菌，蜡状芽抱杆菌;
.有害的蓝绿藻。
经水传播对人类健康影响的严重程度从轻度胃肠炎到严重甚至是致命的腹泻、痢疾、肝炎和伤寒。污染水可能成为包括霍乱、痢疾和隐抱子虫病等疾病大规模暴发的根源;对于大多数水源性病原微生物来说，还存在其他重要的感染源.如人与人之间的接触和食物。
大多数水源性病原微生物通过人或动物的粪便进入饮用水供应系统，它们不能在水中生长，被摄入后可引起胃肠道感染。但军团菌、非典型分枝杆菌、类鼻疽伯克氏菌、棘阿米巴及福氏耐格里阿米巴是环境微生物，能在水及土壤中生长。除摄入外，还存在其他的传播途径包括吸入和接触，前者可导致呼吸道感染(如:军团菌和非典型分枝杆菌)，后者可导致皮肤和脑的不同部位感染(如:福氏耐格里阿米巴和类鼻疽伯克氏菌)。
所有的水源性病原微生物中.麦地那龙线虫比较独特.因为它是唯一仅通过饮用水传播的病原微生物。
涉及潜在病原微生物的情况说明包括对人类健康的影响、感染源、发病、传播途径以及饮用水成为感染源的意义。关于可作为控制措施运行指示或病原微生物潜在存在指示的微生物情况说明包括指标值、来源及存在、检测的应用和意义。
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