日本卫生部最早于1955年7月颁布了日本饮用水水质标准，之后对此标准进行过几次修订，一直沿用到1992年。根据国际和国内的实际情况，新的水质标准于1993年实施。在此标准中，包括29项与健康相关的项目，17项自来水必须具备的性状指标，13项补充感官项目(色、味、浊度等)以及35项与健康相关的监测项目。日本卫生部在1998年、1999年、2000年对标准进行了修订，分别增加了一些监测项目。
日本最新饮用水水质标准的制定以2003年5月30日颁布的饮用水水质标准(第101号厚生省令)为基础，目前为止，共经历了7次左右的改动，主要由日本厚生省科学生活环境上水委员会负责修订和审核。日本最新的水质标准于2015年4月1日正式实施，该标准包括如下三类指标。
①根据日本自来水法第4条规定必须要达到的标准，即法定标准.共51项;
②可能在自来水中检出，水质管理上需要留意的项目.即水质目标管理项目，共26项，其中农药类项目含120种;
③需要探讨的项目有47项。因为这些指标的毒性评价还未确定，或者自来水中的存在水平还不大清楚，所以还未被确定为水质标准项目或者水质目标管理项目。
日本《生活饮用水水质标准》在总溶解性固体和总硬度、农药类指标及亚硝酸盐氮三个方面指标较为严格，水质目标管理项目中的农药指标共计120项，在世界上涵盖最多，同时有不少是既要求测定其母体农药，又要求测定其主要代谢产物。此外，要探讨的项目中包括了一些常见的EEDs(如雌二醇、炔雌醇、双酚A、壬基酚等)，但相应限值较高，其合理的限值范围还有待于进一步科学探讨。
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