保障饮用水供应的微生物安全，应从水源到用户的各环节建立多级屏障，以预防饮用水污染或减轻饮用水的污染程度，将其控制在不危害人体健康的水平。这些多级屏障可以提高饮用水的安全，包括水资源的保护、对一系列水处理工艺的合理选择和运行，以及对维持和保护饮用水质量的输配水系统(管网或其他方式)的管理。首选的策略是采取适宜的管理手段，着重加强预防或减少病原体进入水源，减少对通过处理过程去除病原体的依赖。
一般来说，最大的微生物风险与饮用了被人类或动物(包括鸟类)粪便污染的水有关。粪便可能是致病性细菌、病毒、原生动物和蠕虫的来源。
在制订饮用水在微生物方面的卫生安全目标时，粪源病原体是主要关注的问题。水中的微生物常常变化很快且变化范围很大。致病微生物浓度在短期内达到峰值可能大大增加疾病感染的风险并可能引起水源性疾病的暴发。而且，当微生物污染被检测到时，很多人可能己经被感染于其中了。由于这些原因，我们不能仅依赖于末端检测(即使是频繁地进行检测)来确保饮用水在微生物方面的安全。
应重视建立水安全框架和实施全面的水安全计划，以始终确保饮用水的安全，从而保护公众健康。如果不能有效保障饮用水的安全，就可能使社区面临肠道疾病或其他传染性疾病暴发的风险。水源性疾病的暴发是特别要避免的，因为其可能会导致大量人群同时受到感染，患病人数可在整个社区中占很高的比例。
除了粪源病原体，其他微生物风险，如几内亚虫(Dracunculusmedinensis)，有毒蓝藻和军团菌(Legionella)，在特定情况下，也可能危害公众的健康。
虽然水可能是传染性生物的一个非常重要的来源，一些水源性疾病也可通过其他途径传播，包括人与人的接触，食物的摄入、飞沫以及气溶胶。在没有暴发水传播性疾病时，这些途径可能比水传播途径更重要。
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