消毒在安全饮用水供应中具有不可置疑的重要作用。消灭病原微生物至关重要，人们常常使用一些活性化学药剂(如氯)来杀灭水中的病原微生物。
消毒是饮用水处理过程中防范诸多病原体(尤其是细菌)的一个有效屏障，也应该被用于受到粪便污染的地表水和地下水的处理。剩余消毒剂能够为应对低水平的污染以及抑制管网系统中微生物的生长提供部分安全保障。
对受到粪便污染的饮用水供应进行化学消毒能降低致病的总体风险，但这并不足以保证饮水安全。比如说饮用水的氯消毒对于一些原虫病原体，特别是隐抱子虫和某些病毒的去除效果有限。消毒的效果在有絮状物和颗粒存在时可能也不尽如人意，因为它们能保护病原体免受消毒剂的作用。高浑浊度会降低消毒作用对微生物的影响，并促进细菌的生长，从而大大增加氯的需求。实施整体管理策略是必不可少的，在这个策略中，通过实施多级屏障(包括原水保护、合适的处理工艺以及存储和输配中的保护)并结合消毒措施来预防或者去除微生物污染。
水处理过程中化学消毒剂的使用常常导致化学副产物的产生。但是，与消毒不充分可能引起的风险相比，这些副产物带来的健康风险是很小的。重要的是，不能为了控制消毒副产物而牺牲消毒效果。
有些消毒剂，比如氯，作为饮用水的消毒剂能够很容易对其进行监测和控制。建议使用氯消毒时进行频繁的监控。
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