基于健康的目标适用于各种发展水平的国家。为了确保有效保护和改善健康，设定的目标必须是现实的、可衡量的、基于科学的数据并与当地条件(包括经济、环境、社会和文化条件)以及财政、技术和体制资源相适应。健康目标应是整体公共卫生政策的一部分，应将公众卫生现状和趋势、饮用水对于传染性疾病传播和有害化学品在个体水平和整个卫生管理中的作用考虑在内。
虽然水是微生物、化学或放射性危害的一个来源，但它绝不是唯一的来源。在设定目标时，还需考虑到其他来源(包括食物、空气、人与人的接触和消费品)以及欠佳的环境卫生和个人卫生。在那些由于多种接触途径产生的总体疾病负担很高的地方，为饮用水设定严格的目标没有太大的价值。例如:如果饮用水只提供了某种化学危险品总接触量的一小部分，那么为这种化学物质设定严格目标的价值就很有限。实现这类目标会造成对其他项目资金投入的不必要的挤占，给卫生干预造成更大的压力。这些风险来自与各种环境风险源的接触，这与降低整体风险水平的公共卫生目标不一致(PrUss et al. , 2002; PrUss和Corvalan, 2006)。
考虑干预措施对疾病总体发病率的影响一也是重要的。对于某些病原体及其相关的疾病，从水质上进行干预可能难有成效，可能也不合理。在其他接触途径占主导地位的地方可能就是这种情况。而在其他地方，长期经验表明:改善饮用水供应和水质管理对于水源性疾病(如伤寒和痢疾)的控制是有效的。
实现健康目标应放在更广泛的公共卫生政策背景下来看，包括环境卫生、废弃物处理和个人卫生的改善措施，以及关于减少个人接触危害和个人活动影响水资源的公共教育。改善公共卫生、减少病原体携带和降低人类对水资源的影响都有助于饮用水的安全(Howard et al.，2002)。公共卫生优先次序通常表明，应优先处理促成疾病的主要因素，同时考虑到成本和潜在的干预影响。然而这并不意味着可以忽视那些消耗较少成本就可以简单达成的次要目标，只要这样不会转移对主要目标的关注。
在对安全性(或在特定环境中什么是可容许的疾病负担)进行判断时，社会作为整体发挥作用。关于采纳任何健康目标产生的效益是否与其成本相称的最终判断，由各国自行决定。
对于改善饮用水安全，资源分配的一个重要概念是在健全的风险管理系统支持下，可能先建立一个较为宽松的过渡目标，用来鼓励饮用水质量的渐进式改进。在这方面，健康目标可以作为支持和衡量水质逐步改善的依据。可以通过制订渐趋严格的健康目标或通过演化出能更准确反映健康保护要求的健康目标，来促进水质的改善 (例如从特定技术目标到性能目标)。
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