在国家层面，关于风险接受和可容许疾病负担的决策是复杂的。除了环境、社会、文化、经济和政治等在决策过程中发挥重要作用的方面，还需要考虑到各种可能性和影响的严重程度。协商在这些过程中起着重要的作用，其结果可因具体情况而不同。尽管做出这些决定十分复杂，但是健康目标的发展要以可容许疾病负担和风险参考水平的定义来作为基准，并以之作为特定情况下决策的出发点。
对与水相关的可容许疾病负担的描述通常以具体的健康结果来表达，例如腹泻病或癌症的最大发病率。然而这些描述没有考虑到结果的严重程度。可能存在于水中的多种危害与非常多样的健康结果相关联。这些健康结果的影响不同，从轻度腹泻到潜在的严重后果，如伤寒、癌症或氟骨症。
需要一个共同的“度量标准”来量化和比较各种与水相关的疾病所带来的负担，要考虑到不同的概率、严重程度和效果持续时间。这样的一个度量标准应适用于任何类型的危害(微生物的、化学的或放射学的)，使得对每种危害能使用一致的方法。在本准则中使用的度量标准是伤残调整生命年(disability-adjusted life year ,DALY)。世界卫生组织相当广泛地使用DALY来评估公共卫生优先级以及与环境接触相关的疾病负担，尤其是微生物危害。
使用DALY的关键优势在于它综合了对生命质量和数量的不同影响，并且它着眼于实际的结果而不是潜在的风险。因此，它支持合理的公共卫生优先级的设定。DALY能用于定义可容许的疾病负担以及相关的风险参考水平。
在这些准则中，可容许的疾病负担被定义为每人每年上限为10-6 DAALY。这个DAALY上限大约相当于10-5的额外癌症终身风险(即:70年间日常摄入该水质目标下的饮用水，每100000人中增加1例癌症案例)，这就是这些准则中用来确定遗传毒性致癌物准则值的风险水平。
用DALY表述化学危害物的健康目标有一个优势，它使化学危害物的风险能和微生物风险进行比较。然而，在实际操作中，由于缺乏相关知识，将DALY方法用于化学物质是有限制的。
10-6 DALY的可容许疾病负担这一目标在一些地区和环境中近期内可能无法实现或者说是不现实的。在那些有着多种接触途径(水、食物、空气、直接的人与人接触等)总体疾病负担很重的地方，在水源性接触方面设定每人每年疾病负担为10-6DALY对总体疾病负担意义不大。在水源性接触方面设定一个较为宽松的可接受风险水平，比如10-6 DALY或10-6 DALY每人每年或许更为现实，这与提供高品质的更安全的水的目标相一致。
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